1995年当选为深圳市人大代表。2003年11月24日，余彭年在人民大会堂召开了一个隆重的签约仪式，这一天，他向外界承诺，要为西藏、内蒙、甘肃、湖南等九个省、自治区的贫困白内障患者提供免费治疗。

2003年，余彭年与中国工商银行深圳分行签署了一份慈善资产托管与监督合同，按照这份协议，银行将安全保管余彭年的慈善资产和监督慈善资产的使用。

“余彭年是美国《时代》周刊2007年评出的“全球14大慈善家”之一，与他同时上榜的中国人只有华人首富李嘉诚。而2006年至2010年，他更是连续五次蝉联胡润中国慈善榜榜首，几年来累计捐款62亿元，被誉为中国最慷慨的慈善家。

2010年4月22日，胡润研究院发布《2010胡润慈善榜》，这是胡润研究院连续第七年发布“胡润慈善榜”。余彭年慈善基金会的资产价值达到82亿元，成为中国第一个超十亿美金的民间慈善基金会。

88岁的余彭年宣布将其名下剩余的所有资产，共计32亿元，全部放入“余彭年慈善基金会”。基金会总价值已达82亿元（港币93亿元），包括两部分：第一部分是银行存款17亿元；第二部分是余彭年所拥有的香港及深圳物业，估值65亿元，其中深圳物业估值是50亿元，包括彭年酒店和大鹏湾别墅。余彭年的捐赠数额新增部分为其银行存款和香港物业价值，总计32亿元。

余彭年表示：“这是我最后一次捐赠。这些财产不会再用于投资，不继承、不变卖，只有一个用途就是慈善。”2008年胡润慈善榜已经将余彭年的深圳物业部分按照30亿元纳入他的个人慈善，因此其增值部分不予计入。至此，余彭年5年累计捐赠额共达62亿元，第五次蝉联中国最慷慨的慈善家。^[1-2]   

2014年14日，余彭年在深圳召开新闻发布会，他宣布将在未来的6-8年间拿出20亿元在国内20所高校设立奖学金办学，并捐赠14亿元为贫困地区开展免费白内障治疗手术。他表示，这一教育慈善项目将效仿香港和台湾地区的捐赠模式，希望受捐学校积极向教育部门申请相应的配对资金，如余彭年捐赠1亿元，教育部也配对给予1亿元作为专项奖学金。

此次余彭年首次进行大规模的教育领域捐赠。在新闻发布会上他表示，将在有生之年将自己所积累的财富都捐献出来，实现“裸捐”的承诺。

“计划是在6到8年时间内，遵守我的承诺把剩下的钱捐出去。”他说。据介绍，余彭年的资产都交由银行托管，儿子孙子都没法从里面拿到一分钱。^[3]